由于瓶裝純凈水和蒸餾水均只是普通純水而不是超純水，水中仍含有少量離子和有機物等雜質，用以配制液相和洗脫液不僅可能污堵昂貴的色譜柱，也影響HPLC定出平坦的基線。

瓶裝純凈水的純化工藝，通常包括吸附、過濾、反滲透等，對顆粒性有機物的去除效果較好，但對微量離子及有機物的去除卻不能滿足高靈敏度的 HPLC實驗之需求，并且，由于其包裝通常多為PVC瓶，透氧率高，同時存在一定的化學溶出量，從而污染瓶中的純凈水，尤其是保存一段時間后，水質下降更多，因此表現在HPLC色譜圖上，雖無特定吸收峰，但基線存在較嚴重的不穩干擾。

蒸餾水是指用蒸餾方法制備的純水。可分一次和多次蒸餾水。水經過一次蒸餾，不揮發的組分殘留在容器中被除去，揮發的組分進入蒸餾水的初始餾分中，通常只收集餾分的中間部分，約占60％，要得到更純的水，可在一次蒸餾水中加入堿性高錳酸鉀溶液，除去有機物和二氧化碳；加入非揮發性的酸（硫酸或磷酸），使氨成為不揮發的銨鹽。通過對雙蒸水進行HPLC檢測時發現，254nm和214nm在22-27分鐘時都出現較強的吸收峰，這表明有疏水性較強的有機物污染，其原因應是蒸餾過程的共沸現象導致了某些揮發性有機物去除不徹底。